Julien Joubert est né dans une famille de musiciens : son père, Claude-Henry Joubert, est altiste et compositeur ; sa mère, Françoise Joubert, est pianiste. Chacun d'eux est réputé dans le domaine de la pédagogie musicale.
Violoncelliste, pianiste, chanteur, Julien Joubert s'oriente assez tôt vers la composition. Sa première comédie musicale : Dans un café des bords de Loire (texte de Gaël Lépingle) est créée en 1993 à la salle de l'Institut, à Orléans. Depuis, il ne cesse de composer. Sa production comprend de la musique instrumentale et vocale pour des chœurs de très bon niveau, des comédies musicales, une soixantaine d'opéras pour enfants - certains créés et enregistrés par la Maîtrise de Radio France.
Professeur au Conservatoire d’Orléans Julien Joubert est aussi directeur musical de « La Musique de Léonie ». Nombre de ses productions se font en collaboration avec son frère Clément Joubert, chef d'orchestre et orchestrateur, ainsi qu’avec son épouse Marie-Noëlle Maerten, chef de chœur.
Féru de littérature, Julien Joubert met en musique certains textes de grands auteurs qu’il affectionne. Il crée non seulement des œuvres autour des Ariettes oubliées ou des Aquarelles de Paul Verlaine, mais aussi Elle pleurait (Stabat Mater), tiré du Mystère de la Charité de Jeanne d’Arc de Charles Péguy, Noëls pour Toni ou Entre deux mondes, sur des poèmes de Maurice Carême, ou encore Tombeau, sur des textes de Marguerite Yourcenar. Il collabore régulièrement avec Gaël Lépingle (Le secret d’Eva L.) ou Éric Herbette (Le petit Poucet) mais écrit également le texte de certaines de ses pièces (La cuisine de Josquin et Léonie ou La librairie de monsieur Jean).
Aimant toutes les musiques (classique, film ou musique légère), il organise des concerts (Peer Gynt, Les Belles aux Bois Dormant, Variations sur « Jesu, meine Freude » de Bach) avec son frère Clément, pour rendre la musique classique accessible à tous.
Toni Ramon (1966-2007), alors directeur de la Maîtrise de Radio France, parlait ainsi de Julien Joubert : « Grâce à une oreille de 360°, ce «zappeur» qu'est Julien Joubert, capable de passer de Gainsbourg à Webern, nous mène de l'énorme cliché au décryptage le plus secret, de la « sucrerie » d'un slow jusqu'à la référence wagnérienne. Et cela au service de la sensibilité et de l'intelligence ».